福建省疾病预防控制中心的前身是成立于1953年的福建省卫生防疫站。2003年7月，根据国家卫生防病机构改革精神，福建省卫生防疫站更名，与福建省结核病防治所、福建省健康教育所和福建省皮肤病防治院中性病麻风病社会防治科室合并组建福建省疾病预防控制中心，同时增挂福建省健康教育促进中心的牌子，为省卫生厅直属事业单位。

福建省疾病预防控制中心总部位于福州市鼓楼区津泰路76号，占地面积31430.9平方米。中心共设8个职能科室、24个业务科室，在职职工396人，专业卫生技术人员305人，其中主任医（技）师23人（其中国家级专家1人，省级优秀专家4人，享受政府特殊津贴专家11人），副主任医（技）师47人，博士3人，硕士11人。

福建省疾病预防控制中心的主要职责是：拟定规范的疾病预防控制方案和技术决策；执行疾病防治计划，组织落实疾病防治措施，培训疾病防治队伍，评价疾病防治效果；对重大突发公共卫生事件实施应急处置；开展各种卫生技术服务和预防医学科学研究。可对各种传染病、寄生虫病、地方病进行病原学、血清学的实验诊断，可独立地对食品、食品添加剂和包装物、涉水产品、化妆品、生物材料、大气、消杀药械、消毒产品、一次性卫生医疗用品、公共场所以及学校卫生等方面进行卫生学检测和评价，是我省预防医学领域多专业的综合检测机构和疾病预防控制技术指导中心。

设有卫生部定点的艾滋病确认实验室、保健食品功能学评价实验室、脊髓灰质炎监测实验室、化妆品卫生安全性检测实验室和卫生杀虫剂毒理学试验实验室。

福建省疾病预防控制中心是商务部2004年首批确定的食品安全定点检测机构，其实验动物质量检测室是省科技厅批准的重点公共实验室。是福建医科大学的教学基地，硕士研究生教学点。同时负责编辑、公开出版发行《中国人兽共患病杂志》、《海峡预防医学杂志》2种定期国家级学术刊物和《福建卫生报》。